环境微生物测序分析
微生物群落多样性--扩增子测序
【添加时间:2016-07-20 14:13:08】【来源:】【作者:weiliang】
    环境样品的单基因扩增子测序,主要是利用HiSeq/MiSeq平台对原核16S rRNA、真菌18S rRNA、真菌ITS、功能基因扩增子测序。客户只需要提供高质量的DNA样品,由专业人员进行PCR扩增及上机测序,获得环境样品中单个基因的组成和多样性信息。

    16S rRNA是目前最常用的生物标志物,广泛应用于微生物的系统进化、分类及多样性研究中16S rRNA占细菌总RNA量的80%以上,基因序列长短适中,其结构中既有保守区域,又有变异区域,是较好的生物标志物。人们根据16S rRNA基因不同区域序列的可变性将其分为9 个可变区和9 个保守区(图1)

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    图1 16S rRNA 基因保守区和可变区的分布

   扩增子测序实验流程如下:
    1. 基因组DNA提取
    不同样品性质不一样,提取DNA的方法会有差异。对于土壤DNA提取,推荐使用PowerSoil® DNA Isolation Kit,该试剂盒也可以提取粪便、肠道内容物等样品。
    2.  PCR
    根据保守区设计带barcode的引物,以DNA为模版进行PCR扩增。
    3. PCR产物纯化和定量
    PCR产物进行胶回收纯化,然后定量产物浓度。按照每个样品的测序量要求,进行相应比例的混合。
    4. 文库构建及上机测序
    根据产品说明书构建文库,并上机测序。
 
   
     扩增子测序数据分析方法见“生物信息学服务”。
   
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