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16S rRNA基因预测功能 (PICRUSt)
【添加时间:2016-09-12 09:36:06】【来源:】【作者:dggadmin】
        PICRUSt可以根据16S rRNA基因测序数据预测样品中的微生物功能类别相对丰度。该分析适用于肠道、口腔等菌群多样性较低的样品,土壤样品由于菌群结构复杂、未培养菌比例高,预测效果不理想。
 

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图1:用PICRUSt 预测的KEGG Orthology (KO)数据库功能类别的相对丰度

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图2:PICRUSt 分析流程


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图3:PICRUSt预测细菌和古菌的准确性(外圈簇的高度表示准确性)

 
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图4:PICRUSt 对不同样品的预测效果

参考文献:Langille, M. G.I.*; Zaneveld, J.*; Caporaso, J. G.; McDonald, D.; Knights, D.; a Reyes, J.; Clemente, J. C.; Burkepile, D. E.; Vega Thurber, R. L.; Knight, R.; Beiko, R. G.; and Huttenhower, C. Nature Biotechnology, 1-10. 8 2013.



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