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LDA EffectSize分析 (LEfSE)
【添加时间:2016-09-12 09:33:28】【来源:】【作者:dggadmin】
        LEfSE分析可以实现多个分组之间的比较,还进行分组比较的内部进行亚组比较分析,从而找到组间在丰度上有显著差异的物种(即biomaker)。
        LDA值分布柱状图展现不同组中丰度有显著差异的物种,柱状图的长度代表显著差异物种的影响大小。进化分支图由内至外辐射的圆圈代表了不同的分类级别(例如从界到属)。每一个小圆圈代表该水平下的一个分类,小圆圈直径大小与相对丰度大小呈正比。无显著差异的物种统一着色为黄色,差异物种按分组颜色着色。
 
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图1  LDA值分布柱状图(A)和进化分支图(B)

 
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图2 LEfSE分析显示不同分组之间的种群丰度差异(以Acidobacteria门为例)

参考文献:Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L et al. (2011) Metagenomic biomarker discovery and explanation. Genome Biol 12: R60.10.1186/gb-2011-12-6-r60 PubMed: 21702898.



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