生物信息学服务
群落组成分析
【添加时间:2016-09-12 09:28:24】【来源:】【作者:dggadmin】
     群落组成分析是基于OTU丰度表及其微生物分类(门、纲、目、科、属)所做的分析,主要包含以下几个方面:

1. 样本群落组成图

    根据分类学分析结果,可以得知多个样品在各分类水平上的物种组成比例情况,反映样品在不同分类学水平上的群落结构。根据具体情况可选择合适的作图类型(柱状图、散点/折线图、饼图等):
\

图1 样本群落组成图

2. 样品OTU 分布Venn 图

     用于统计多个样品中共有或独有的OTU数目,可以比较直观地表现各组样品之间的OTU 组成相似程度。
图3.2中各个数字代表了某组样品独有或几组样品共有的OTU 数量,对分析要求:样品分组至少2个,最多5 个。


\

图2 样品OTU 分布Venn图

3. 热图 (Heatmap)

     热图用颜色变化来反映微生物群落(或功能)的丰度信息,它可以直观地将数值大小用颜色深浅表示出来。也可以将高丰度和低丰度的物种分块聚集,通过颜色梯度及相似程度来反映多个样品在各分类水平上群落组成的相似性和差异性。
\
 
图3 高丰度OTU的热图
    左边是微生物分类,右边是OTU编号,下边文字是样品名称,颜色反映OTU在样品中的相对丰度。



上一篇:约束排序(RDA/CCA等)
下一篇:LDA EffectSize分析 (LEfSE)