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Alpha多样性分析
【添加时间:2016-09-12 09:22:05】【来源:】【作者:dggadmin】
       Alpha多样性分析主要包括Shannon多样性指数、Chao1丰富度指数、Simpson指数等多样性指数的计算,以及下列图表的绘制。
      

1. 稀释曲线 (Rarefaction Curve)

       稀释曲线是指从样本中随机抽取一定数量的个体,统计出个体所代表物种数目,以个体数与物种数来构建的曲线。曲线趋于平坦说明测序深度合理,更多的测序量对发现新OTU的边际贡献很小;反之则表明继续测序还可能产生较多新的OTU。

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图1 稀释曲线
横轴:从某个样品中随机抽取的序列数目(测序深度)。
纵轴:基于该测序条数能构建的OTU数量。

2. Shannon-Wiener 曲线

       Shannon-Wiener 曲线反映样品中微生物多样性的指数,利用各样品的测序量在不同测序深度时的微生物多样性指数构建曲线,以此反映各样本在不同测序数量时的微生物多样性。当曲线趋向平坦时,说明测序数据量足够大,可以反映样品中绝大多数的微生物物种信息。
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图2 Shannon-Wiener 指数曲线
横轴:从某个样品中随机抽取的测序条数。
纵轴:Shannon-Wiener 指数,用来估算群落多样性的高低。

3. Rank-Abundance 曲线

       Rank-Abundance 曲线用于同时解释样品多样性的两个方面,即样品所含物种的丰富程度和均匀程度。物种的丰富程度由曲线在横轴上的长度来反映,曲线越宽,表示物种的组成越丰富;物种组成的均匀程度由曲线的形状来反映,曲线越平坦,表示物种组成的均匀程度越高。
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图3 Rank-Abundance 曲线
横轴:OTU 相对丰度含量等级降序排列。
纵轴:样品(组)中的OTU数目。



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